| 知事直轄組織 （お問い合わせ先一覧） |
秘書、広報、危機管理について - 所属：
- 秘書課， 広報課， 防災危機管理局
- 所管：
- 消防学校
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| 総合政策部 （お問い合わせ先一覧） |
政策方針、消費者行政、人権、IT推進について - 所属：
- 企画調整課， 「美の滋賀」発信推進室， 新駅問題・特定プロジェクト対策室, 県民活動生活課, （県民情報室）， 文化振興課， 男女共同参画課， 人権施策推進課， 情報政策課（IT企画室）， 統計課
- 所管：
- 東京事務所， 消費生活センター， 近代美術館， 男女共同参画センター
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| 総務部 （お問い合わせ先一覧） |
庁舎管理、人事、行政改革、財政について - 所属：
- 総務課， 経営企画・協働推進室， 人事課（福利厚生室）， 財政課， 税政課， 地方税徴収対策室， 自治振興課， 検査課， 事業課
- 所管：
- 政策研修センター， 県税事務所（西部 / 南部 / 中部 / 東北部）， 自動車税事務所
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| 琵琶湖環境部 （お問い合わせ先一覧） |
環境について - 所属：
- 環境政策課， 琵琶湖政策課（琵琶湖レジャー対策室， 旧水政課）， 温暖化対策課， 循環社会推進課（廃棄物監視取締対策室）， 最終処分場特別対策室， 下水道課， 森林政策課， 森林保全課， 自然環境保全課
- 所管：
- 環境事務所（南部 / 甲賀 / 東近江 / 湖東 / 湖北 / 高島）， 琵琶湖環境科学研究センター， 琵琶湖博物館， 流域下水事務所（湖南中部 / 東北部）， 森林整備事務所（西部・南部 / 西部・南部高島支所 / 甲賀 / 中部 / 湖北）， 森林センター
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| 健康福祉部 （お問い合わせ先一覧） |
健康・福祉行政、生活衛生、子育てについて - 所属：
- 健康福祉政策課， 健康長寿課， 医療福祉推進課， 障害福祉課， 医務薬務課（ 医療福祉推進室 / 医師確保支援センター / 薬務室 / 薬業技術振興センター）， 生活衛生課（食の安全推進室）， 医療保険課， 子ども・青少年局
- 所管：
- 健康福祉事務所（南部 / 甲賀 / 東近江 / 湖東 / 湖北 / 高島）， 衛生科学センター（感染症情報センター）， リハビリテーションセンター， 精神保健福祉センター， 障害者更生相談所， 近江学園， 総合保健専門学校， 看護専門学校， 食肉衛生検査所， 動物保護管理センター， 子ども家庭相談センター（中央 / 彦根）， 淡海学園， 平和祈念館
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| 商工観光労働部 （お問い合わせ先一覧） |
商工業の推進、労働について - 所属：
- 商工政策課，地域エネルギー振興室， 商業振興課， 新産業振興課（モノづくり技術振興室）， 企業誘致推進室， 観光交流局（国際室，パスポートセンター）， 労働雇用政策課（就業支援室）
- 所管：
- 計量検定所， 工業技術総合センター， 東北部工業技術センター， 高等技術専門校
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| 農政水産部 （お問い合わせ先一覧） |
農業・水産業について - 所属：
- 農政課（農業団体指導検査室）,食のブランド推進課, 農業経営課， 畜産課， 水産課， 耕地課（農業基盤管理推進室）， 農村振興課（にぎわう農村推進室）
- 所管：
- 農業農村振興事務所（大津・南部 / 甲賀 / 東近江 / 湖東 / 湖北 / 高島）， 農業技術振興センター（茶業指導所/農業大学校）， 病害虫防除所， 家畜保健衛生所， 畜産技術振興センター， 水産試験場， 愛知川流域田園整備事務所（永源寺ダム管理事務所）
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| 土木交通部 （お問い合わせ先一覧） |
土木交通行政、治水、都市計画について - 所属：
- 監理課（技術管理室 / 用地対策室）， 交通政策課（交通安全対策室）， 道路課， 流域政策局（流域治水政策室, 広域河川政策室, 河川・港湾室, 琵琶湖不法占用対策室， 水源地域対策室 ）， 芹谷地域振興推進室， 砂防課， 都市計画課， 住宅課， 建築課（建築指導室）
- 所管：
- 土木事務所（大津 / 南部 / 甲賀 / 東近江 / 湖東 / 長浜（木之本支所） / 高島）， 交通事故相談所， 芹谷地域振興事務所， 北川水源地域振興事務所
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| 会計管理局 （お問い合わせ先一覧） |
公金の適正な管理 - 所属：
- 管理課， 会計課
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| 地域を担当する組織 （お問い合わせ先一覧） |
各分野ごとの地域事務所 環境事務所（南部 / 甲賀 / 東近江 / 湖東 / 湖北 / 高島）， 県税事務所（西部 / 南部 / 中部 / 東北部）， 森林整備事務所（西部・南部 / 西部・南部高島支所 / 甲賀 / 中部 / 湖北）， 健康福祉事務所（南部 / 甲賀 / 東近江 / 湖東 / 湖北 / 高島）， 農業農村振興事務所（大津・南部 / 甲賀 / 東近江 / 湖東 / 湖北 / 高島）， 土木事務所（大津 / 南部 / 甲賀 / 東近江 / 湖東 / 長浜 / 木之本 / 高島） |
