※警察本部の所管する公益法人（特例民法法人）データはこちらから。 ※新制度の公益社団・財団法人、一般社団・財団法人へ移行済みの法人はこちらから；外部リンク公益法人インフォメーションへ（滋賀県で検索）。
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| 主務課名 | 公益法人の名称 | |
| 知事直轄組織 | 広報課 | （社）滋賀県新聞連盟 |
| 防災危機管理局 | （財）滋賀県消防協会 | |
| （社）滋賀県電業協会 | ||
| （社）滋賀県防火保安協会連合会 | ||
| 総合政策部 | 企画調整課 | （社）長浜青年会議所 |
| （社）草津青年会議所 | ||
| （社）近江八幡青年会議所 | ||
| （社）東近江青年会議所 | ||
| （社）守山青年会議所 | ||
| （社）栗東青年会議所 | ||
| （社）高島青年会議所 | ||
| （社）野洲青年会議所 | ||
| （財）びわこ空港周辺整備基金 | ||
| 人権施策推進課 | （財）近江八幡市人権センター | |
| 総務部 | 人事課 | （財）滋賀県職員互助会 |
| （社）滋賀県友弘済会 | ||
| 自治振興課 | （財）滋賀県市町村職員厚生会 | |
| （財）滋賀県市町村職員互助会 | ||
| （財）朽木むらおこし公社 | ||
| （財）ひばり | ||
| （財）湖北水源の郷づくり | ||
| （財）ハートランド推進財団 | ||
| 琵琶湖環境部 | 環境政策課 | （社）湖南工業団地協会 |
| 循環社会推進課 | （財）彦根市事業公社 | |
| （社）滋賀県生活環境事業協会 | ||
| （財）滋賀県環境事業公社 | ||
| （社）滋賀県産業廃棄物協会 | ||
| 下水道課 | （財）滋賀県下水道公社 | |
| 森林政策課 | （社）滋賀県造林公社 | |
| （財）びわ湖造林公社 | ||
| 自然環境保全課 | （社）滋賀県猟友会 | |
| 健康福祉部 | 健康福祉政策課 | （財）進徳社 |
| （社）勅旨報徳社 | ||
| （財）安中財団法人 | ||
| （社）栗東市ボランティア・市民活動支援センター | ||
| （財）芙蓉会 | ||
| （財）泉会 | ||
| （財）滋賀県民間社会福祉業職員共済会 | ||
| （財）河本文教福祉振興会 | ||
| （社）滋賀県社会福祉士会 | ||
| 健康推進課 | （社）滋賀県医師会 | |
| （社）滋賀県歯科医師会 | ||
| （社）大津赤十字病院医師会 | ||
| （社）湖北医師会 | ||
| （社）近江八幡市蒲生郡医師会 | ||
| （社）彦根医師会 | ||
| （社）守山野洲医師会 | ||
| （社）滋賀県栄養協会 | ||
| （社）湖北歯科医師会 | ||
| （社）歯の衛生協会 | ||
| （財）近畿健康管理センター | ||
| （社）大津市歯科医師会 | ||
| （財）甲賀創健文化振興事業団 | ||
| （社）滋賀県調理師会 | ||
| 障害者自立支援課 | （社）滋賀県ろうあ協会 | |
| （財）糸賀一雄記念財団 | ||
| （社）滋賀県社会就労事業振興センター | ||
| 医務薬務課 | （財）近江兄弟社 | |
| （社）滋賀県薬剤師会 | ||
| （社）鍼灸マッサージ師会 | ||
| （財）近江愛隣園 | ||
| （財）青樹会 | ||
| （社）滋賀県看護協会 | ||
| （社）滋賀県病院協会 | ||
| （社）滋賀県鍼灸師会 | ||
| （社）滋賀県歯科技工士会 | ||
| （社）滋賀県私立病院協会 | ||
| （社）大津市薬剤師会 | ||
| 生活衛生課 | （社）滋賀県生活衛生協会 | |
| （財）琵琶湖霊園 | ||
| （社）滋賀ビルメンテナンス協会 | ||
| （財）滋賀県生活衛生営業指導センター | ||
| （社）滋賀県食品衛生協会 | ||
| （財）滋賀県動物保護管理協会 | ||
| （財）原浄琳寺墓地管理委員会 | ||
| 子ども・青少年局 | （社）滋賀県保育協議会 | |
| （財）博愛会 | ||
| 商工観光労働部 | 観光交流局 | （社）びわ湖高島観光協会 |
| （社）近江八幡観光物産協会 | ||
| （財）近江八幡市国際協会 | ||
| （財）大津市国際親善協会 | ||
| 新産業振興課 | （社）綜合企画情報研究所 | |
| （財）高島地域地場産業振興センター | ||
| 労働雇用政策課 | （財）湖北勤労福祉会館 | |
| （財）守山野洲市民交流プラザ | ||
| （財）大津市勤労者互助会 | ||
| （財）守山野洲勤労福祉サービスセンター | ||
| （財）草津市勤労者福祉サービスセンター | ||
| 農政水産部 | 農政課 | （財）昭和興農会 |
| （財）萬世協会 | ||
| （財）安土町農業公社 | ||
| （財）愛の田園振興公社 | ||
| （財）土山町緑のふるさと振興会 | ||
| 農業経営課 | （社）滋賀県茶業会議所 | |
| （財）滋賀県青果物生産安定資金協会 | ||
| 畜産課 | （社）滋賀県畜産振興協会 | |
| （社）滋賀県獣医師会 | ||
| （社）滋賀県配合飼料価格安定基金協会 | ||
| （社）滋賀県装削蹄師会 | ||
| （財）滋賀食肉公社 | ||
| 土木交通部 | 監理課 | （社）滋賀県建設業協会 |
| （社）滋賀県造園協会 | ||
| （社）滋賀県骨材協会 | ||
| （社）滋賀県測量設計技術協会 | ||
| （社）滋賀県建設産業団体連合会 | ||
| （社）滋賀県土木施工管理技士会 | ||
| （社）滋賀県建設コンサルタント協会 | ||
| 流域政策局 | （社）びわ湖水底質浄化協会 | |
| 住宅課 | （社）滋賀県宅地建物取引業協会 |