本県は、琵琶湖を中心とした閉鎖性の水系となっており、他水域の水産動物を持ち込むと、既存の生態系のバランスが破壊され、資源保護の上で大きな問題が生じます。
このため、次に掲げる水産動物以外の水産動物(卵を含む)の県内への移植は、知事の許可がなければできません。 (滋賀県漁業調整規則第50条)
| ビワマス | コイ* | フナ | ホンモロコ |
| ウナギ | イサザ | ゴリ(ヨシノボリ) | アマゴ |
| イワナ | ニジマス | ヒガイ | ドジョウ |
| ワタカ | タニシ | シジミ | テナガエビ |
| スジエビ |
また、琵琶湖などでは釣りなどのレジャー活動で外来魚(ブルーギル、オオクチバス、コクチバス)を捕まえた場合には再び琵琶湖に戻してはいけません。(滋賀県琵琶湖のレジャー利用の適正化に関する条例第18条)
* コイの場合、近年コイヘルペスウイルス病の発生に伴い、蔓延防止のため、委員会指示により次のとおり放流に規制が加えられています(委員会指示のページへ)。