アユや二ゴロブナ・ホンモロコの産卵繁殖に重要な区域は、水産資源保護法に基づく保護水面に指定されています(滋賀県漁業調整規則第35条の2)。この区域では産卵場造成や清掃作業を行うなど産卵環境の整備を行っています。また、採捕禁止期間には、保護水面監視員が区域内を巡回して産卵・繁殖保護の啓発・指導にあたります。
次に掲げる区域では、魚種別の禁止期間に加え、9月1日から11月30日までの間、アユを含むすべての水産動物をとってはいけません。
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河川名
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保護水面区域
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禁止期間
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上流端
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下流端
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| 安曇川 | 高島市常磐木・高島市新旭町安井川地先、 五番領安井川線常安橋 |
川尻(河川管理者が河口付近の両岸に設置した標柱を結んだ線の中点)より沖合半径200メートルの線 | 9月1日 〜11月30日 アユ等すべての水産動物の採捕禁止 |
| 石田川 | 高島市今津町蘭生・梅原地先、 国道303号線上ノ瀬橋 |
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| 知内川 | 高島市マキノ町寺久保・上開田地先、 上開田橋 |
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| 塩津大川 | 長浜市西浅井町集福寺地先、集福寺川との合流点 | ||
| 姉川 (高時川) |
長浜市宮部町・長浜市国友町地先、 草津川との合流点、長浜市湖北町馬渡・小今地先、国道8号線高宮橋 |
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| 天野川 |
米原市箕浦・西円寺地先、
国道8号線高宮橋
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| 犬上川 |
彦根市高宮町・犬方町地先、
国道8号線高宮橋
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| 和邇川 | 大津市小野、和邇中地先 | ||
下図の保護水面の区域の一部または全域では、4月1日から7月31日までの間、フナおよびモロコの採捕が禁止されています。なお、保護水面の区域全域でフナやモロコの産卵環境の保全や稚魚の放流などが行われていますので、産卵繁殖保護へのご協力をお願いします。

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水域
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禁止区域
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禁止期間
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禁止内容
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| 琵琶湖 | 近江八幡市沖島地先、栗谷湾内 | 5月10日 〜7月10日 |
水産動植物の採捕禁止 |
| 高島市安曇川町四津川金丸橋から堀川橋地先 | |||
| 犬上川 | 多賀町大字富之尾地先、灌漑用井堰の上流70m、下流70m以内の区域 | 4月1日 〜7月31日 |
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| 姉川 | 米原市小泉地先、発電用水取り入れ口堰提から70m上流、70m下流以内の区域 | 2月1日 〜6月30日 |
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| 高時川 | 長浜市木之本町古橋地先、合同井堰から上流70m、下流70m以内の区域 | ||
| 野洲川 | 湖南市石部北地先、石部頭首工から上流70m、下流200m以内の区域 | ||
| 琵琶湖 | |||
| 長浜市湖北町尾上地先にある大規模増殖場に設置されている浮産卵床から20m以内の区域 | 4月1日 〜7月31日 |
フナ・モロコの採捕禁止 | |
| 草津市山田町地先にある大規模増殖場に設置されている浮産卵床から20m以内の区域 | |||
| 草津市喜合地先にある小規模増殖場に設置されている浮産卵床から20m以内の区域 | |||
| 長浜市西浅井町月出地先にある小規模増殖場に設置されている浮産卵床から20m以内の区域 | |||
| 大津市衣川一丁目地先にある小規模増殖場に設置されている浮産卵床から20m以内の区域 | |||
| 守山市赤野井町地先にある小規模増殖場に設置されている浮産卵床から20m以内の区域 | |||
| 高島市新旭町饗庭地先にある小規模増殖場に設置されている浮産卵床から20m以内の区域 | |||
| 大津市小野地先にある小規模増殖場に設置されている浮2産卵床から20m以内の区域 | |||
| 大津市比叡辻地先にある小規模増殖場に設置されている浮産卵床から20m以内の区域 | |||
| 近江八幡市南津田町地先にある広域型増殖場の離岸堤の南端と北端を結んだ線から岸側の区域 |
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水域
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禁止区域
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禁止期間
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禁止内容
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| 西の湖 | 近江八幡市・安土町地先、西の湖および同湖から琵琶湖に通ずる水路ならびに同湖周辺の水路 | 周年 | 貝類の採捕禁止 |
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水域
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禁止区域
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禁止期間
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禁止内容
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| 愛知川 天野川 姉川 高時川 塩津大川 知内川 石田川 安曇川 田川 ほか 1箇所 |
各河川に設置されているやなの工作物上流から下流の区域(下流端はおおむね琵琶湖までであるが、各河川ごとに詳細に規定されている) | 漁具が設置されている期間 | 水産動物の採捕、 魚道の遮断、 魚群の散逸行為の禁止 |