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| 鳥類 |
| (１)絶滅危惧種 6種 |
イヌワシ | オオコノハズク | クマタカ | コノハズク | サンカノゴイ |
| ブッポウソウ | |||||
| (2)絶滅危機 増大種 17種 |
オオタカ | オオワシ | クイナ | コミミズク | チュウヒ |
| トラフズク | ハイイロチュウヒ | ハチクマ | ハヤブサ | ヒクイナ | |
| ヒシクイ | マガン | ミサゴ | ミゾゴイ | ヤマセミ | |
| ヨシゴイ | ヨタカ | ||||
| (3)希少種 117種 |
アオアシシギ | アオゲラ | アオシギ | アオバズク | アオバト |
| アカゲラ | アカショウビン | アマツバメ | アメリカヒドリ | アリスイ | |
| イカルチドリ | イスカ | イソシギ | イワヒバリ | ウズラシギ | |
| ウソ | ウミアイサ | エゾムシクイ | エリマキシギ | オオアカゲラ | |
| オオジシギ | オオジュリン | オオソリハシシギ | オオハクチョウ | オオマシコ | |
| オオヨシキリ | オオルリ | オグロシギ | オシドリ | オジロトウネン | |
| オジロワシ | オバシギ | カッコウ | カヤクグリ | カワアイサ | |
| カワガラス | カワセミ | カンムリカイツブリ | キアシシギ | キクイタダキ | |
| キビタキ | クサシギ | クロジ | クロツグミ | コアオアシシギ | |
| コアジサシ | コオバシギ | コガラ | コサメビタキ | ゴジュウカラ | |
| コチョウゲンボウ | コハクチョウ | コマドリ | コムクドリ | コヨシキリ | |
| コルリ | ササゴイ | サシバ | サメビタキ | サルハマシギ | |
| サンコウチョウ | サンショウクイ | シマアジ | シメ | ジュウイチ | |
| シロチドリ | セイタカシギ | セッカ | センダイムシクイ | ソリハシシギ | |
| ダイシャクシギ | ダイゼン | タカブシギ | タゲリ | タシギ | |
| タヒバリ | タマシギ | チゴハヤブサ | チュウサギ | チュウジシギ | |
| チュウシャクシギ | チョウゲンボウ | ツクシガモ | ツツドリ | ツバメチドリ | |
| ツミ | ツリスガラ | ツルシギ | トウネン | トモエガモ | |
| トラツグミ | ニュウナイスズメ | ノジコ | ノスリ | ハイタカ | |
| ハギマシコ | ハリオアマツバメ | バン | ヒバリシギ | ビンズイ | |
| フクロウ | ベニマシコ | ヘラシギ | ホウロクシギ | ホオアカ | |
| ホオジロガモ | ホトトギス | マミジロ | ミコアイサ | ミソサザイ | |
| ミヤマホオジロ | メダイチドリ | メボソムシクイ | ヤブサメ | ヤマシギ | |
| ヨシガモ | ルリビタキ | ||||
| (4)要注目種 4種 |
キバシリ | キレンジャク | コクマルガラス | ヒレンジャク | |
| (5)分布上重要種 0種 |
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| (6)その他重要種 4種 |
カイツブリ | コシアカツバメ | コジュケイ | ヤマドリ | |
| (7)絶滅種 0種 |
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| (8)保全すべき群集・群落、個体群 9種 |
生杉ブナ原生林の鳥類群集 | 菅山寺の鳥類群集 | 朽木いきものふれあいの里 カツラの谷の鳥類群集 | 湖北町水鳥公園の鳥類群集 | 西池の鳥類群集 |
| 西ノ湖を中心とした内湖のヨシ群落の鳥類群集 | 松ノ木内湖の鳥類群集 | 綿向山のブナ林の鳥類群集 | 三島池の鳥類群集 |
