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| 植物 |
| (1)絶滅危惧種 4１種 |
アサザ | イチョウシダ | イトトリゲモ | イヌハギ | イヌヤチスギラン |
| イワギク | ウチョウラン | ウメガサソウ | オオトックリイチゴ | オキナグサ | |
| オニバス | カザグルマ | カセンソウ | カツラカワアザミ | カライトソウ | |
| キバナサバノオ | クマガイソウ | クラガリシダ | サイコクヌカボ | サルメンエビネ | |
| サワラン | シラヒゲソウ | シラン | スギラン | ステゴビル | |
| セッコク | タカサゴシダ | タヌキモ | チョウセンキンミズヒキ | ヌマゼリ(サワゼリ) | |
| ハマエンドウ | ヒメニラ | ヒメヒゴタイ | フウラン | フサタヌキモ | |
| マツバラン | マルミノウルシ | ミズトラノオ | ミノコバイモ | ヤシャビシャク | |
| リュウキンカ | |||||
| (2)絶滅危機 増大種 57種 |
アオヤギソウ | イナベアザミ | イヌセンブリ | イブキスミレ＊ | イブキレイジンソウ |
| イワシモツケ | イワツクバネウツギ | イワヒバ | オオミズゴケ | オオヤマサギソウ | |
| オギノツメ | ガガブタ | カヤラン | カワラアカザ | キセワタ | |
| キソチドリ | ギョウジャニンニク | クモラン | コアゼテンツキ | コゴメカゼクサ | |
| コゴメグサ(イブキコゴメグサ) | コシンジュガヤ | コメススキ | サギスゲ | サンショウモ | |
| サンネンモ | シズイ | シマシロヤマシダ | シロガヤツリ | スズムシバナ | |
| スブタ | セイタカスズムシソウ | セイタカハリイ | セツブンソウ | セトガヤ | |
| タチスズシロソウ | タヌキマメ | ドウモンワニグチソウ | ニオイタデ | ヌカボタデ | |
| ハマゴウ | ヒメイズイ | ヒメイチゲ | ヒメシャガ | ヒロハノセンニンモ | |
| ホシクサ | マダイオウ | ミコシガヤ | ミズアオイ | ミズネコノオ | |
| ミゾコウジュ | ミツガシワ | モリアザミ | ヤマジソ | ヤマブキソウ | |
| ユキワリイチゲ | ワニグチソウ | ||||
| (3)希少種 118種 |
アイナエ | アオテンツキ | アオホオズキ | アオモジ | アギナシ |
| アサダ | アシウテンナンショウ | アズマカモメヅル | イヌタヌキモ | イヌナズナ | |
| イワヤシダ | ウキシバ | ウシタキソウ | ウスゲレイジンソウ | ウマスゲ | |
| エイザンスミレ | エゾフユノハナワラビ | オウギカズラ | オオアブラススキ | オオシロガヤツリ | |
| オオニガナ | オオバクサフジ | オオハンゲ | オオヒキヨモギ | オオヒナノウスツボ | |
| オカオグルマ | オケラ | オトメフラスコモ | オニノヤガラ | オヒルムシロ | |
| カキノハグサ | カタイノデ | カラクサシダ | カラスシキミ | キバナノアマナ | |
| キンラン | ギンラン | キンレイカ | クサレダマ | クモキリソウ | |
| クロタキカズラ | コイケマ | コウグイスカグラ | コガネネコノメソウ | コキンバイ | |
| コシオガマ | コハリスゲ | ゴハリマツモ | サギソウ | サクラバハンノキ | |
| サジラン | サナギイチゴ | ザリコミ | ジガバチソウ | ジュウニヒトエ | |
| ショウキラン | スズサイコ | スズメノコビエ | ズダヤクシュ | タカネマスクサ | |
| タキキビ | タチモ | タヌキラン | タマガワホトトギス | チョウジギク | |
| トキソウ | ナガバノウナギツカミ | ナツノタムラソウ | ニッコウキスゲ(ゼンテイカ) | ニッコウヒョウタンボク | |
| ノカンゾウ | ノビネチドリ | バイカモ | ハナゼキショウ | ハマナデシコ | |
| ヒカゲツツジ | ヒゴスミレ | ビッチュウフウロ | ヒナスミレ | ヒナラン | |
| ヒメアオガヤツリ | ヒメサジラン | ヒメスギラン | ヒメタヌキモ | ヒメビシ | |
| ヒメミクリ | ヒロハアマナ | ヒロハテンナンショウ | ヒロハヤブソテツ | フジキ | |
| フジシダ | ホソバノアマナ | マツムシソウ | マネキグサ(ヤマキセワタ) | マルバサワトウガラシ | |
| マルバサンキライ | マルミスブタ | ミカワシンジュガヤ | ミズチドリ | ミズニラ | |
| ミスミソウ | ミソナオシ | ミノボロ | ミヤコイヌワラビ | ミヤマザクラ | |
| ミヤマノキシノブ | ミヤマビャクシン | ヤチスギラン | ヤナギヌカボ | ヤノネシダ | |
| ヤマジノギク | ヤマシャクヤク | ヤマトキソウ | ヤマホタルブクロ | ヤマラッキョウ | |
| ヨツバハギ | ルイヨウショウマ | ワチガイソウ | |||
| (4)要注目種 122種 |
アオネカズラ | アカウキクサ | アカハナワラビ | アケボノスミレ | アスヒカズラ |
| アズマシロガネソウ | アズマスゲ | アラゲナツハゼ | イトタヌキモ(ミカワタヌキモ) | イトモ | |
| イナモリソウ | イヌノフグリ | イブキトボシガラ | イワオモダカ | イワタケソウ | |
| ウキガヤ | ウシクサ | ウスバミヤマノコギリシダ | ウナギツカミ | ウラジロウコギ | |
| エゾイヌゴマ | エゾシロネ | エゾタツナミソウ | オオアブノメ | オオキヌタソウ | |
| オオクボシダ | オオハナウド | オオメシダ | オグラノフサモ | オトコゼリ | |
| オナモミ | オニシバ | ガシャモク | カラコギカエデ | カラマツソウ | |
| キエビネ | キクアザミ | キクタニギク | キミズ | キヨスミウツボ | |
| キヨスミコケシノブ | クマツヅラ | クリンソウ | クロミノハリイ | ケクロモジ | |
| ケシンジュガヤ | ケヤマウツボ | コギシギシ | コハナヤスリ | コバノチョウセンエノキ | |
| コバノミミナグサ | コモウセンゴケ | サイカチ | サイコククロイヌノヒゲ | サキボソフラスコモ | |
| ササバギンラン | サヤマスゲ | シャクジョウソウ | シュスラン | シロシャクジョウ | |
| ジロボウエンゴサク | ゼニバサイシン | センダイスゲ | タイミンガサモドキ | タカサゴソウ | |
| タカノハウラボシ | タキミシダ | タチカモメヅル | タチハコベ | タニジャコウソウ | |
| チョウジソウ | ツルフジバカマ | ツレサギソウ | トウオオバコ | トキワトラノオ | |
| ニッコウハリスゲ | ヌマハリイ | ハシナガヤマサギソウ | ハルニレ | ハンカイソウ | |
| ヒキヨモギ | ヒゲシバ | ヒトツボクロ | ヒナスゲ | ヒメコウホネ | |
| ヒメシオン | ヒメフタバラン | ヒメフラスコモ | ヒメヨモギ | ヒロハトリゲモ(サガミトリゲモ) | |
| ヒロハハナヤスリ | フサモ | フジバカマ | ホクリクムヨウラン | ホソバムカシヨモギ | |
| ホテイシダ | マキエハギ | マツラン | マルバノイチヤクソウ | ミシマサイコ | |
| ミズギク | ミズタカモジ | ミチシバ | ミヤコアザミ | ミヤコオトギリ | |
| ミヤマウコギ | ミヤマツチトリモチ | ミヤマナミキ | ムカゴソウ | ムギラン | |
| ムクゲシケシダ | モメンヅル | ヤブスゲ | ヤマイバラ | ヤマサギソウ | |
| ヤマジノタツナミソウ | ヤマタツナミソウ | ヤマトホシクサ | ヤマハコベ | ヤマホオズキ | |
| ヨウラクラン | リュウノヒゲモ | ||||
| (5)分布上重要種 109種 |
アオハコベ | アマナ | イシモチソウ | イタチササゲ | イヌスギナ |
| イブキカモジグサ | イブキジャコウソウ | イブキソモソモ | イブキトラノオ | イブキノエンドウ | |
| イブキフウロ | イブキボウフウ | イワウメヅル | イワショウブ | イワハタザオ(フジハタザオ) | |
| ウスギナツノタムラソウ | ウチワドコロ | エゾハタザオ | エゾヒメクラマゴケ | エゾフウロ | |
| エゾリンドウ | エチゴキジムシロ | エチゴツルキジムシロ | オオキツネヤナギ | オオケタネツケバナ | |
| オオコメツツジ | オオササエビモ | オオトリゲモ | オオバキスミレ | オオバミゾホオズキ | |
| オクヤマガラシ | オニシモツケ | カノコソウ | キバナイカリソウ | キバナノカワラマツバ | |
| キバナノレンリソウ | キバナハタザオ | キンコウカ | キンバイソウ | クガイソウ | |
| クサタチバナ | クチナシグサ | クロヅル | グンナイフウロ | ケタガネソウ | |
| コアブラツツジ | コイブキアザミ | コウヤミズキ | コバノイラクサ | コモチシダ | |
| コモノギク | ザゼンソウ | サツキヒナノウスツボ | サナギスゲ | サワアザミ | |
| サンインシロカネソウ(ソコベニシロカネソウ) | サンカヨウ | シマカンギク | シモツケ | ダイセンヒョウタンボク | |
| タイミンガサ | タカネノガリヤス | タキミチャルメルソウ | チシマカニツリ | ツルガシワ | |
| ツルキンバイ | テバコワラビ | トウゴクサバノオ | トガクシコゴメグサ | ドクウツギ | |
| ナガエノアザミ | ネジレモ | ノグサ | ノジリボダイジュ | ノタヌキモ | |
| ハイタムラソウ | ハガクレツリフネ | ハクサンフウロ | ハスノハイチゴ | ハルユキノシタ | |
| ヒトツバヨモギ | ヒナノカンザシ | ヒナノキンチャク | ヒメザゼンソウ | ビロードスゲ | |
| ヒロハノエビモ | フクジュソウ | ホソバシロスミレ | マイズルソウ | マルバダケブキ | |
| マルバノキ | マルバノリクラアザミ | ミヤマアブラススキ | ミヤマウメモドキ | ミヤマコアザミ | |
| ミヤマトウキ | ムカゴツヅリ | ムラサキヤシオ | モミジカラマツ | モミジチャルメルソウ | |
| ヤナギトラノオ | ヤマガラシ | ヤマゼリ | ヤマトグサ | ヤマトミクリ | |
| ユウスゲ | ユキミバナ | ルリトラノオ | ワタムキアザミ | ||
| (6)その他重要種 55種 |
アサノハカエデ | アズマイチゲ | アゼガヤ | アゼテンツキ | アヤメ |
| イカリソウ | イワイタチシダ | イワキンバイ | ウンヌケモドキ | エビネ | |
| オオアカウキクサ | オオイヌノハナヒゲ | オオマルバノホロシ | オグルマ | オニナルコスゲ | |
| カミガモシダ | カワラサイコ | キキョウ | キヨスミオオクジャク | コウガイモ | |
| コガマ | コケシノブ | コバナワレモコウ | コバノトンボソウ | コムラサキ | |
| サワシロギク | シギンカラマツ | シソクサ | シャジクモ | ジンバイソウ | |
| タイワンヤマイ | タコノアシ | タニヘゴ | トチカガミ | トリガタハンショウヅル | |
| トンボソウ | ナツエビネ | ノウルシ | ノダイオウ | ノハナショウブ | |
| ハコネシダ | ヒオウギ | ヒナザサ | ヒメコヌカグサ | ヒメナミキ | |
| ヒメミソハギ | ヘビノボラズ | マツカサススキ | マメスゲ | ミカヅキグサ | |
| ミクリ | ミズトンボ | ムラサキミミカキグサ | メグスリノキ | ヤナギイノコズチ | |
| (7)絶滅種 20種 |
アキノハハコグサ | アゼオトギリ | オオダイトウヒレン | オオミコゴメグサ | オクタマシダ |
| クロホシクサ | ケゴンアカバナ | コバノヒルムシロ | コフウロ | ゴマクサ | |
| デンジソウ | トダイアカバナ | ナガサキシダ | ヌマカゼクサ | ヒシモドキ | |
| ヒンジモ | マルバオモダカ | ミズキカシグサ | ミドリカナワラビ | ヤマユリ | |
| (8)保全すべき群集・群落、個体群 2箇所 |
カキツバタ（平池のカキツバタ） | サツキ（朽木） |
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＊訂正 「滋賀県で大切にすべき野生生物（２０００年版）」のＣＤ−ＲＯＭ解説書において、「イブキスミレ」の項に「タチツボスミレ」の写真が誤って掲載されていました。 |
